Depåbiblioteket är underställt Undervisnings- och kulturministeriet och hör till den högskole- och forskningspolitiska avdelningens verksamhetsområde. Bibliotekets verksamhet styrs av en direktion som tillsätts av ministeriet och har en mandatperiod på tre år.

Direktionen är sammansatt med särskilt beaktande av samarbetet med biblioteken. Ett tätt och välfungerande samarbete är synnerligen viktigt för Depåbiblioteket, som inte har en egen ramorganisation.

Direktionen 1.3.2022-28.2.2025

Ordförande: Minna von Zansen (Tillgänglighetsbiblioteket Celia)
Viceordförande:  Jussi Kärki (SAMK) 

Medlemmar:
Anne Lehto (Vetenskapsbiblioteket Tritonia, Vasa)
Riitta Kangas (Joensuu stadsbibliotek)
Jouni Pääkkölä (Uleåborgs stadsbibliotek)
Liisa Savolainen (Nationalbiblioteket)