Kirjaston toimintaa ohjaa opetus- ja kulttuuriministeriön asettama johtokunta, jonka toimikausi kestää kolme vuotta. Johtokunnan kokousten esittelijänä toimii kirjastonjohtaja.
Johtokunta on koottu erityisesti yhteistyön kehittämistä silmälläpitäen. Tiivis ja hyvä yhteistoiminta erityyppisten kirjastojen kanssa on Varastokirjastolle tärkeää, koska kirjastolla ei ole varsinaista kehysorganisaatiota. Johtokunnan tehtävänä on huolehtia kirjaston yleisestä kehittämisestä ja päättää toiminnan suuntaviivoista sekä toimia yhteistyöelimenä kirjastoihin päin.
Johtokunnan kokoonpano 1.3.2022-28.2.2025
Puheenjohtaja: johtaja Minna von Zansen (Saavutettavuuskirjasto Celia),
varapuheenjohtaja: kirjastopäällikkö Jussi Kärki (Satakunnan Ammattikorkeakoulu)
Jäsenet:
johtaja Anne Lehto (Vaasan Tiedekirjasto Tritonia)
Vs. kirjastopalvelujohtaja Riitta Kangas (Joensuun kaupunginkirjasto)
kirjastopalvelujohtaja Jouni Pääkkölä (Oulun kaupunginkirjasto)
apulaisjohtaja Liisa Savolainen (Kansalliskirjasto)